虽然能吸附分解有害气体，还能吸水调湿，但吸水性极强的特性使其不能像漆一样形成胶膜，所以硅藻泥并不完美，吸水性太强是其弱点，脏后不能用水擦洗。另外硅藻泥由于其自身结构吸水性强是其缺点，所以硅藻泥是不防水的，不能用于过于潮湿的地方，厨房、卫生间这些地方容易潮湿不适合使用硅藻泥装修。但是硅藻泥壁材表面是亲水的，可以减少静电现象，所以硅藻泥墙面壁不容易挂尘、具有一定自清洁功能。

　　硅藻泥的耐污性虽然与专业乳胶漆和瓷砖不能相比，但硅藻泥因为表面多孔结构的存在，如果是普通灰尘或泥土还比较容易清理，手印、脚印或字迹等可用软橡皮、硬橡皮或细砂纸等简单工具在脏了的硅藻泥墙面上轻轻地拭擦，即可慢慢去除。一般的灰尘，可用鸡毛掸轻掸掸去，也可用吸尘器。但遇到一些渗透性强的污渍，尤其是液体性的，很可能会因渗透过深而留下不可逆转的“疤痕”。污渍较大,可局部用水润透、取掉，重新修补。当然这个过程需要专业的师傅完成。